Một trong những nhiệm vụ quan trọng nhất trong nuôi trồng thủy sản hiện nay là giảm việc sử dụng FMFO (thức ăn thủy sản sử dụng bột cá và dầu cá)
Thức ăn là phần tốn kém nhất trong quá trình sản xuất nuôi trồng thủy sản, cả về mặt kinh tế và môi trường. Hầu hết thức ăn được sử dụng trong nuôi trồng thủy sản đều thu được bằng cách làm cạn kiệt nguồn tài nguyên biển và đánh bắt quá mức cá tự nhiên, điều này có nguy cơ làm giảm nghiêm trọng đa dạng sinh học và phá vỡ toàn bộ hệ sinh thái. Với gần 1/5 tổng sản lượng cá tự nhiên đánh bắt trên thế giới chỉ được sử dụng để sản xuất FMFO, ngành công nghiệp bột cá phụ thuộc rất nhiều vào việc thu hoạch ở những khu vực có trình độ quản lý thấp (Châu Á, Châu Phi, Châu Mỹ Latinh) và có rất ít quy định liên quan đến việc khai thác cá và động vật giáp xác.
Tương tự như việc sử dụng men vi sinh ở người, chế phẩm sinh học trong nuôi trồng thủy sản đã được nghiên cứu để phân lập khả năng của chúng trong việc giúp tôm, cá, ếch, lươn ... sử dụng chất dinh dưỡng hiệu quả hơn. Bằng cách cho phép sử dụng các chất dinh dưỡng hiệu quả hơn, một số chủng Bacillus có thể làm giảm nhu cầu thức ăn, cải thiện tỷ lệ chuyển đổi thức ăn và hạ giá thành sản xuất.
Ngoài việc trực tiếp tăng lượng chất dinh dưỡng sẵn có nhờ hoạt động trao đổi chất, khả năng xử lý sinh học trong nước và tăng cường miễn dịch của nó có thể làm tăng sự phát triển của cá trưởng thành và tỷ lệ sống sót của ấu trùng, dẫn đến tỷ lệ chuyển đổi thức ăn được cải thiện.