Ngoài các chất ức chế, Bacillus còn tạo ra các hợp chất có thể kích thích phản ứng miễn dịch tự nhiên và gián tiếp ngăn chặn sự phát triển của bệnh trong thời gian dài.

Nhiều chủng Bacillus có công cụ mạnh mẽ giúp chúng cạnh tranh rất hiệu quả với các vi sinh vật khác. Một trong những công cụ đó là dập tắt quá trình giao tiếp (quorum sensing) của vi khuẩn gây bệnh - ngăn chặn sự biểu hiện gen độc lực - trong đó các hợp chất được tạo ra có tác dụng ngăn chặn các phân tử tín hiệu cần thiết để kích hoạt gen độc lực ở vi khuẩn gây bệnh. 

Bằng cách này, ngay cả khi vi khuẩn gây bệnh có mặt, các chủng bacillus sẽ phá vỡ cơ chế truyền tín hiệu của chúng và ngăn chúng gây ra bất kỳ tác hại nào lớn hơn cho vật chủ. Cơ chế này giúp các loài trực khuẩn này cạnh tranh với vi khuẩn có hại và mang lại sự cân bằng cho hệ vi sinh vật đường ruột của cá và tôm...

Vị trí bám dính là các bề mặt trên mô của vật chủ, nơi vi khuẩn có thể bám vào và hình thành các khuẩn lạc. Để lây nhiễm sang vật chủ, vi khuẩn gây bệnh cần bám vào các vị trí này. Bacillus, cùng với các chủng probiotic khác, có thể ngăn chặn điều này ở một số loài thủy sản. Mặc dù bằng chứng vẫn đang được xây dựng dựa trên các ứng dụng cụ thể, nhưng người ta tin rằng những chủng này xâm chiếm ruột, không còn chỗ cho mầm bệnh, do đó vô hiệu hóa chúng khỏi việc thiết lập.

Cuối cùng, Bacillus và vi khuẩn gây bệnh sử dụng các nguồn dinh dưỡng tương tự nhau. Xét thấy Bacillus có tốc độ tăng trưởng nhanh hơn hầu hết các mầm bệnh, chúng thường đánh bại chúng và làm giảm lượng thức ăn có sẵn cho chúng. Thiếu chất dinh dưỡng, mầm bệnh phát triển yếu và trở nên nhạy cảm hơn với tác động của các hợp chất và enzyme mà Bacillus sản xuất.