Một số loài Bacillus (ví dụ, B. subtilis, B. mycoides) được tìm thấy tự nhiên trong hệ vi sinh vật đường ruột của một số loài cá và có thể đóng vai trò quan trọng trong việc chống lại mầm bệnh .

Những loài này có thể tạo ra các hợp chất có đặc tính ức chế giúp chúng có lợi thế cạnh tranh chống lại các vi khuẩn có khả năng gây hại khác. Bacteriocin là những peptide nhỏ có hoạt tính kháng sinh và có thể được sử dụng thành công để điều trị vi khuẩn kháng kháng sinh.

Ngoài bacteriocin, Bacillus còn có thể sản xuất kháng sinh; Sản xuất kháng sinh là một cơ chế rất quan trọng mà Bacillus sử dụng để chống lại các vi khuẩn khác - khoảng 4-5% bộ gen của B. subtilis chỉ dành cho việc sản xuất kháng sinh. Bacillus có thể sản xuất nhiều loại kháng sinh có hiệu quả chống lại nhiều loại vi khuẩn khác nhau và thậm chí cả virus.

Nhiều người sẽ hỏi liệu những hợp chất này có góp phần gây ra tình trạng kháng kháng sinh hay không và câu trả lời đơn giản là có. Tuy nhiên, xem xét rằng Bacillus sử dụng kết hợp nhiều cơ chế khác nhau chứ không chỉ cơ chế này, tỷ lệ vi khuẩn kháng thuốc kháng sinh ít hơn đáng kể so với ứng dụng truyền thống của các hợp chất này.

Nhiều loài Bacillus cũng được biết đến với hoạt động phân giải mạnh mẽ, làm tăng khả năng cung cấp chất dinh dưỡng trong ruột và cũng có đặc tính kháng khuẩn. Enzym tiêu giải có thể làm suy giảm thành tế bào của vi khuẩn gây bệnh, khiến chúng chết đi. Tuy nhiên, cần phải thực hiện nhiều nghiên cứu hơn về chủ đề này vì vi khuẩn có lợi cũng có thể bị ảnh hưởng bởi các enzyme này do tính đặc hiệu thấp của chúng.

Các loài được sử dụng cho mục đích này bao gồm Bacillus subtilis, B. licheniformis, B. coagulans và B. amyloliquefaciens.